МИСИЯТА на Изпълнителна агенция „Сертификационен одит на средствата от Европейските земеделски фондове“ е да изпълнява функциите на Сертифициращ орган за извършване на сертификационен одит за верността на финансовите отчети и изградената система за контрол в Разплащателната агенция на Република България по:

1. Европейски фонд за гарантиране на земеделието (ЕФГЗ);
2. Европейски земеделски фонд за развитие на селските райони (EЗФРСР).

Чрез резултатите от своята одитна дейност Изпълнителна агенция „Сертификационен одит на средствата от Европейските земеделски фондове“ защитава финансовите интереси на европейския и българския данъкоплатец.